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在生物製藥過程中，蛋白質的回收是一個重要的環節。而傳統的回收流程包括沉澱、離心、層析等方法，但這些回收方法存在著效率低、成本高，還有操作複雜等問題。隨著膜分離技術的發展成熟，越來越多的研究表明膜分離技術對蛋白回收有廣泛應用前景。
 
一、膜分離回收菌體蛋白
發酵液在發酵中會產生產品、副產品、殘留物、菌體等液體物質。膜分離技術可以有效回收活菌和菌體蛋白。根據菌種大小等條件，可以選擇合適的膜，最終實現膜分離技術的高效應用。
 
二、膜分離技術在豆製品上的回收
生產都豆乳時會產生大豆乳清，一般的分離回收方法隻能從中提取60%的蛋白質，但用超濾膜設備分離，可以增加豆腐的收得率，並且還可以去除豆膻味以及去除影響豆乳穩定性的低分子物質，從而提高豆乳的質量。
膜分離還能淨化廢液，保護環境。用膜分離技術能從大豆中提取大豆異黃酮、低聚糖、免疫球蛋白、竹葉黃酮等一些有效功能物質。
 
三、膜分離技術在澱粉工業應用
膜分離技術會根據蛋白分子和其他物質的分子量不同，將澱粉蛋白廢水經過膜過濾，回收澱粉廢水中的蛋白，同時其他物質經過膜過濾，也能得到回收利用。膜分離技術降低了損耗，提高了效率，還維護了生態平衡和環境。